弗拉基米尔·安德烈耶维奇·马科戈诺夫1904年8月27日出生于阿塞拜疆的纳希切万，后来长期生活在巴库。1923年，他与哥哥米哈伊尔并列巴库市冠军；1927年首次进入苏联锦标赛决赛，便与年轻的博特维尼克并列第五。
他在1937年苏联锦标赛获得第四名，1939年再次并列第四。同年举行的列宁格勒—莫斯科国际强赛中，弗洛尔积12分夺冠，列舍夫斯基第二，马科戈诺夫以10分并列第三。1942年，他在巴库进行的12局对抗赛中以7.5比4.5击败弗洛尔；1943年斯维尔德洛夫斯克强赛，他仅次于博特维尼克，领先斯梅斯洛夫和博列斯拉夫斯基。
马科戈诺夫的名字也留在开局理论中。王印度防御中以6.h3为标志的体系，以及对格林菲尔德防御采用5.e3并准备6.b4的方案，都以他命名。他还参与发展拒后翼弃兵中的塔塔科维尔—马科戈诺夫—邦达列夫斯基体系，其棋风以稳健、细腻的位置理解著称。
结束主要比赛生涯后，马科戈诺夫成为备受尊敬的教练。1957年斯梅斯洛夫备战与博特维尼克的世界冠军赛时，他担任首席助手；此后博特维尼克发现卡斯帕罗夫的巨大潜力，又推荐马科戈诺夫指导这名阿塞拜疆少年。俄罗斯棋协称，他的经验对卡斯帕罗夫早期成长帮助很大。